Nel SIC vi sono numerose specie di invertebrati, tra cui due tra le più belle farfalle alpine, Parnassius apollo e Parnassius mnemosyne. Tra gli anfibi sono presenti la raganella, Hyla intermedia e la Rana temporaria, mentre tra i rettili figurano alcune specie interessanti come il ramarro (Lacerta bilineata), il colubro liscio (Coronella austriaca), il saettone (Zamenis longissimus) e il marasso (Vipera berus). La fauna ornitologica è molto ricca di specie, e tra le altre vi sono l'aquila reale, la coturnice, il gufo reale, il picchio nero, la civetta nana e il gallo cedrone (Tetrao urogallus) che è anche il simbolo del Parco delle Orobie Valtellinesi. Si tratta di un uccello di grosse dimensioni (il maschio può raggiungere una lunghezza di oltre 80 cm, mentre la femmina è in genere più piccola, sino a 60 cm) che vive prevalentemente nei boschi di conifere tra i 1200 e i 1700 m. La zona del SIC rappresenta una delle aree ottimali in Valtellina per ospitare questa specie, peraltro molto rara in Lombardia.
Tra i mammiferi, nel SIC si possono trovare 4 specie di pipistrelli, dal fondamentale ruolo ecologico per il controllo delle popolazioni di insetti di cui si cibano, oltre a ungulati come il cervo, il capriolo e il camoscio.

Gli uccelli sono ben rappresentati da numerose specie in All. I della Direttiva 79/409/CEE e da uccelli migratori abituali non elencati in tale direttiva.