Nel SIC vi sono numerose specie di invertebrati, tra cui due tra le più belle farfalle alpine, Parnassius apollo e Parnassius mnemosyne. Tra gli anfibi sono presenti la raganella, Hyla intermedia e la Rana temporaria, mentre tra i rettili figurano alcune specie interessanti come il ramarro (Lacerta bilineata), il colubro liscio (Coronella austriaca), il saettone (Zamenis longissimus) e il marasso (Vipera berus). La fauna ornitologica è molto ricca di specie, e tra le altre vi sono l'aquila reale, la coturnice, il gufo reale, il picchio nero, la civetta nana e il gallo cedrone (Tetrao urogallus) che è anche il simbolo del Parco delle Orobie Valtellinesi. Si tratta di un uccello di grosse dimensioni (il maschio può raggiungere una lunghezza di oltre 80 cm, mentre la femmina è in genere più piccola, sino a 60 cm) che vive prevalentemente nei boschi di conifere tra i 1200 e i 1700 m. La zona del SIC rappresenta una delle aree ottimali in Valtellina per ospitare questa specie, peraltro molto rara in Lombardia.
Tra i mammiferi, nel SIC si possono trovare 4 specie di pipistrelli, dal fondamentale ruolo ecologico per il controllo delle popolazioni di insetti di cui si cibano, oltre a ungulati come il cervo, il capriolo e il camoscio.

Gli uccelli sono ben rappresentati da numerose specie in All. I della Direttiva 79/409/CEE e da uccelli migratori abituali non elencati in tale direttiva.

camoscio
Rupicapra rupicapra 
Camoscio (Foto di V. Martegani)

 

capriolo
Capreolus capreolus 
Capriolo (Foto di G. Scieghi)

 

stambecco
Capra ibex 
Stambecco (Foto di G. Bettini)

 

marmotta
Marmota marmota 
Marmotta (Foto di G. Scieghi)
lepre bianca
Lepus timidus 
Lepre bianca (Foto di G. Scieghi)

 

Picchio nero
Dryocopus martius 
Picchio nero (Foto di G. Scieghi)

 

ramarro
Lacerta bilineata
Ramarro (Foto di C. Tognoni)

 

picchio rosso
Picoides major 
Picchio rosso maggiore (Foto di G. Bettini)