Il censimento floristico del sito ha permesso di identificare ben 344 differenti piante vascolari, 22 muschi e 20 licheni, con numerose specie rare e molto interessanti.
Nel SIC si trova la Viola comollia, una specie particolarmente rara ed endemica delle Alpi Orobie, che cresce tra 1700 e 2700 metri di quota su macereti e morene, e la Sanguisorba dodecandra, un'altra specie endemica delle Alpi Orobie.
L'aquilegia alpina (Aquilegia alpina) è una specie molto rara in tutta la provincia di Sondrio, di cui sono note solo poche località sparse fra Alpi Retiche ed Orobie. Cresce di preferenza in arbusteti e macereti a quote che variano tra 1600 e 2500 metri.
Meno appariscente ma altrettanto rara è la Barbarea bracteosa, presente in prevalenza su pietraie e praterie umide tra 1000 e 2500 metri.
Sulle rupi e sulle creste ventose è possibile vedere il blu intenso del raro Eritrichium nanum; un'altra pianta tipica degli ambienti d'alta quota, fino ad oltre 3000 metri, è l'Artemisia genipi che vegeta soprattutto su morene e macereti, ma anche rupi e pendii sassosi, più tipicamente su substrati silicei.
All'interno del SIC non sono segnalate specie vegetali in allegato II della Direttiva Habitat.

Aglio serpentino (Foto di R. Ferranti)

Rododendro ferrugineo (Foto di C. Tognoni)

Arnica (Foto di R. Ferranti)

Fior di stecco (Foto di R. Ferranti)

Doronico del granito (Foto di R. Ferranti)a

Androsace dei ghiacciai (Foto di R. Ferranti)

Genziana punteggiata (Foto di R. Ferranti)

Genziana porporina (Foto di R. Ferranti)

Anemone a fiori di narciso (Foto di R. Ferranti)

Aquilegia maggiore (Foto di R. Ferranti)

Erba di S. Barbara bratteata (Foto di R. Ferranti)

Epilobio di Fleischer (Foto di R. Ferranti)

Eritrichio nano (Foto di R. Ferranti)

Felce penna di struzzo (Foto di F. Gironi)

Stella alpina (Foto di R. Ferranti)

Papavero alpino (Foto di R. Ferranti)

Salvastrella orobica (Foto di G. Scieghi)

Primula vischiosa (Foto di R. Ferranti)

Potentilla rosea (Foto di F. Gironi)

Sassifraga brioide (Foto di R. Ferranti)

Sassifraga solcata (Foto di R. Ferranti)

Viola di Comolli (Foto di L. Pagliarini)