Nel sito sono presenti 16 habitat di importanza comunitaria; di questi, due sono “prioritari”, ossia habitat rari e a rischio di scomparsa, per i quali gli stati membri dell'Unione Europea hanno un ruolo fondamentale nella loro conservazione: le formazioni erbacee seminaturali a Nardo ricche di specie (H 6230*) e le foreste di versanti, ghiaioni e valloni del Tilio-Acerion (H 9180*).
Gli habitat forestali predominano nel Sito: castagneti, faggete e tilio-acereti nella fascia montana, peccete e laricete nella fascia subalpina. Le formazioni forestali sono interrotte da habitat seminaturali, i prati da fieno e i pascoli a Nardo, questi ultimi protratti fin nella zona extrasilvatica. Il loro valore ecologico è ben noto, ma non si deve dimenticare l'importante ruolo paesaggistico e nella produzione di prodotti tipici locali (Matusc, Bitto, Mascherpa, Casera).
Habitat acquatici di rilevante interesse sono le acque stagnanti colonizzate da Sparganium angustifolium e le torbiere, entrambi importanti ecosistemi per anfibi ed invertebrati.