Il SIC accoglie al suo interno nove habitat di interesse comunitario, di cui due prioritari (6230 - Formazioni erbose a Nardus ricche di specie e 9180 - Foreste di versanti, ghiaioni e valloni del Tilio-Acerion).
Le foreste acidofile montane e alpine di Picea (Vaccinio-Piceetea, habitat 9410) rappresentano l'habitat maggiormente esteso nel sito, coprono il 40% della sua superficie e sono ampiamente presenti nel settore nord, in una fascia compresa tra 1000 e 2000 m di quota. In questo habitat il peccio si accompagna ad abete bianco (Abies alba), larice (Larix decidua) e alle quote inferiori al faggio (Fagus sylvatica); nelle radure compare anche l'ontano verde (Alnus viridis).
All'interno del sito è presente un'ampia formazione ad Alnus viridis (habitat 4080) in Val Bondone, tra 1500 e 2300 m ed anche nell'alta valle del torrente Valmadre.
L'habitat 4060 delle brughiere alpine è presente e ben rappresentato nel settore sud del sito, nell'alta Val Bondone, con aree di superficie estesa, a partire da 1500 m fino a oltre i 2350 m a nord del Passo del Bondone. Si tratta di formazioni arbustive principalmente di rododendro (Rhododendron ferrugineum) e di diverse specie di mirtillo (genere Vaccinium).
Le formazioni erbose a Nardus (habitat 6230) caratterizzano nel sito le aree a pendenza moderata o sub-pianeggianti nell'alta valle tra i 2000 e 2200 m m s.l.m.
Alle quote maggiori, sulla fascia di alto versante e sotto il crinale sulle pareti rocciose si forma una comunità vegetale di specie erbacee in fessure e piccole cenge ove si verificano i fenomeni di accumulo di detriti e si forma un poco di terriccio. Questo habitat (8220 - Pareti rocciose silicee con vegetazione casmofitica) è ricco di specie di grande bellezza, come Androsace vandellii, Primula daonensis, Saxifraga exarata, Saxifraga bryoides, per citarne solo alcune.
L'habitat prioritario del Tilio-Acerion (9180) ha una diffusione ridotta (occupa solo il 3% circa della superficie del sito) lungo gli impluvi del torrente Valmadre, torrente Margotta e torrente Bondone, ma ha una elevata rilevanza ecologica.