Nel complesso il SIC presenta 9 habitat comunitari, di cui 2 prioritari (6230 - Nardeti ricchi di specie e 9180 - Foreste di versanti, ghiaioni e valloni del Tilio-Acerion) che ricoprono circa il 66% della sua superficie.
Gli habitat forestali in Val Lesina sono dominanti. Alle quote inferiori vi sono boschi di latifoglie appartenenti all'habitat 9110 (Faggete del Luzulo-Fagetum), che coprono il 18% della superficie del SIC; a quote superiori, o su versanti con esposizione più sfavorevole, subentrano le peccete (habitat 9410, Foreste acidofile montane e alpine di Picea) che coprono l'8,2% della superficie e le foreste alpine di Larix decidua e/o Pinus cembra (habitat 9420), con una copertura del 6,9%.
I nardeti ricchi di specie (habitat prioritario 6230) sono dei prati soggetti a pascolo intenso e prolungato nel tempo, soprattutto su terreni a pendenza ridotta. La specie caratteristica e dominante è Nardus stricta, una graminacea cespitosa poco appetita dal bestiame. Sono localizzati principalmente nella parte centrale del SIC, ad una quota compresa tra i 1500 ed i 1850 m.
Una habitat di particolare rilevanza è quello delle formazioni boschive del Tilio-Acerion (habitat prioritario 9180), una formazione a latifoglie che comprende aceri, tigli, frassini, ciliegi, olmi e faggi e che si trova nelle forre, solamente in un'unica area localizzata nella punta più settentrionale del territorio del SIC, ad una quota compresa tra i 600 ed i 700 m.
Una quota significativa del SIC (11,5%) è coperta da arbusteti con presenza di rododendro o di ontano verde(habitat 4060 - Lande alpine e boreali). Alle quote maggiori dominano gli habitat dei ghiaioni silicei (8110) e delle pareti rocciose silicee con vegetazione casmofitica (8220) che ospitano elementi floristici tra i più “nobili” della flora alpina: rari, con areali di diffusione ristretti ed estremamente specializzati, con adattamenti a condizioni ambientali estreme