La Val d'Arigna è coperta per quasi l'86% del territorio del SIC da ben 17 habitat di interesse comunitario, di cui 3 prioritari (6230 - Nardeti ricchi di specie, 9180 - Foreste di versanti, ghiaioni e vallonidel Tilio-Acerion, 91E0 - Foreste alluvionali di Alnus glutinosa e Fraxinus excelsior).
Uno degli habitat più abbondanti nel SIC, caratterizzato proprio da imponenti bastioni rocciosi, è la vegetazione delle rupi silicee (habitat 8220), costituita da piante adattate a crescere nelle fratture delle rocce sfruttando la minima quantità di terra che vi si forma all'interno. Questo è l'habitat con la maggiore diffusione relativa (15,2 %), il che la dice lunga sulla “verticalità” di questo territorio! Un altro habitat con elevata copertura (8,6 %) è quello dei ghiaioni silicei (8110) che caratterizza le aree prossime ai ghiacciai, le morene recenti e i macereti instabili, con una vegetazione di piante pioniere.
Una vasta superficie del SIC (quasi il 12%) è occupata anche dalle foreste di abete rosso, le peccete (habitat 9410), che rappresentano una delle formazioni forestali più diffuse in tutte le Orobie, e in genere sull'arco alpino. Altro habitat ben rappresentato (10 %) è quello delle formazioni arbustive della fascia montana e subalpina dominate da salici arbustivi e da formazioni ad ontano verde (habitat 4080) che in genere si trova su versanti lungamente innevati, spesso al margine dei torrenti e dei ruscelli.