Quasi l'87% del territorio del SIC Val Madre è coperto da habitat di interesse comunitario, di cui 2 prioritari (6230 - Nardeti ricchi di specie e 9180 - Foreste di versanti, ghiaioni e valloni del Tilio-Acerion).
Particolarmente significativi sono i boschi di faggio e/o abete bianco, spesso con una cospicua presenza di abete rosso (habitat 9110), che formano una larga fascia compatta che occupa quasi tutta la zona lungo i margini più settentrionali del sito, ad una quota compresa tra i 700 e i 1200 m m s.l.m.;
Le foreste quasi pure di conifere (habitat 9410) occupano la parte centrale del SIC, da ovest a est, a una quota compresa tra i 900 e i 2000 m m s.l.m. Sopra Ronco di Alfaedo ci sono degli abeti bianchi di notevole diametro ed altezza che sono talvolta utilizzati dal picchio nero.
Interessante è l'habitat del Tilio-Acerion (habitat prioritario 9180) che si trova in due aree nella porzione sud-est del SIC, a una quota compresa tra gli 800 e i 1000 m m s.l.m. Si tratta di una formazione a latifoglie che comprende aceri, tigli, frassini, ciliegi, olmi e faggi, in ambienti più umidi di quelli in cui si trova la faggeta.
Le praterie montane da fieno (habitat 6520), un tempo molto ben rappresentate perché ottenute nei secoli dall'incessante opera dei contadini che sottraevano con forza e determinazione superficie al bosco, rappresentano oggi una rarità, come il bel prato della Pianella o della Ca' Redunda, ancora oggi sfalciati regolarmente.
Alle quote superiori si incontrano le praterie alpine a nardo (habitat prioritario 6230) in corrispondenza degli alpeggi Dassola e di Foppelle e Prigiolo che si alternano a lande ad arbusti o a pietraie.

Gli habitat dei ghiaioni silicei (8110) costituiscono un ambiente tra i più significativi, perché ospitano elementi floristici “nobili” della flora alpina: rari, con areali di diffusione ristretti ed estremamente specializzati sotto il profilo ecologico, con adattamenti a condizioni ambientali estreme.