I versanti delle Alpi Orobie che si affacciano sulla Valtellina sono caratterizzati da pendii ripidi, spesso ombrosi, solcati da lunghe valli parallele scavate dai torrenti. La complessa morfologia del Parco ha reso possibile la formazione di un’ampia varietà di ambienti e paesaggi, nonché l’instaurarsi di diverse associazioni vegetali. L’importante gradiente altitudinale e la posizione geografica consentono di avere un ricco assortimento di specie vegetali, tra le quali si annoverano Viola comollia e Sanguisorba dodecandra, due specie endemiche che, a livello globale, sono presenti solo sulla catena orobica.
La vegetazione forestale caratteristica delle Orobie Valtellinesi è sicuramente la pecceta, i cui fitti boschi di abete rosso (Picea abies) si estendono lungo buona parte del territorio, intervallati qua e là da piccoli prati secondari, i maggenghi. Queste praterie semi-naturali sono state promosse in passato dall’uomo e mantenute nel tempo, ai fini della produzione di fieno, favorendo indirettamente specie caratteristiche, che sono purtroppo oggi in regressione a causa dell’abbandono delle attività agricole tradizionali e del conseguente avanzare del bosco. Salendo di quota i boschi di abete rosso lasciano il posto ai boschi aperti e luminosi di larice (Larix decidua), che forma un ecotono di transizione tra il bosco e l’arbusteto, costituito in buona parte da colorati cespugli di mirtillo (Vaccinium myrtillus) e rododendro (Rhododendron ferrugineum).
Nelle Orobie si incontrano svariati habitat naturali di particolare valore, tra i quali si annoverano boschi di ontano bianco (Alnus incana), pascoli a nardo (Nardus stricta), morene e pareti rocciose, che a loro volta ospitano diverse specie botaniche di pregio. In particolare, si trovano frequentemente diffusi gli arbusteti di ontano verde (Alnus viridis) e megaforbie, che occupano non di rado le zone valanghive, e ove troviamo le rare Tozzia alpina e Aquilegia alpina. Altri ambienti estremamente interessanti sono le zone umide, habitat ideali per la Drosera rotundifolia, una piccola e rara pianta carnivora che cresce tra i muschi delle torbiere.