Nelle Orobie valtellinesi crescono rigogliosi boschi di latifoglie alle quote inferiori e di conifere più in alto, favoriti dall’esposizione settentrionale del versante e dalle abbondanti precipitazioni. L’abete rosso è l’albero più diffuso del Parco, l’abete bianco e il faggio prevalgono nel settore occidentale, il larice e il pino cembro alle quote più elevate. Rododendri, ontani e ginepri segnano il passaggio dalla foresta alla prateria alpina che, durante la stagione estiva, si colora delle loro vistose fioriture. Vere e proprie perle botaniche sono la Sanguisorba dodecandra, lungo i corsi d’acqua a est, e la Viola Comollia, una rarità nei ghiaioni d’alta quota, e la Androsace Brevis, che cresce nelle pietraie colorandole con i suoi petali dal rosa al viola. Gli ambienti rupestri e quelli periglaciali ospitano specie che si adattano a condizioni estreme come le sassifraghe, Corydalis lutea e Ranunculus glacialis.